別のアプリで開く で間違えて登録してしまったアプリを削除する。

https://forums.ubuntulinux.jp/viewtopic.php?id=1699
ここを見たら、バージョン違うからか少し違ったけど直せた。

~/.local/share/applications にある、消したいアプリの名前のついたファイルをすべて消す。
あと
mimeapps.list を開いて消したいアプリの名前の項目(セミコロンまで)を消す。
mimeinfo.cacheを消す。

これで右クリック→別のアプリで開くの項目に無駄なものがなくなる。
フォルダ更新しないとダメかも。